Первый раз нога русского солдата вступила в г. Мегри 12-13 июня 1810 года. Тогда батальон егерского полка под командованием 28-летнего полковника русской армии Котляровского (ставшего в 29 лет генерал-майором), после трехдневного марша из Карабаха, штурмом взял крепость Мегри. На приказ главнокомандующего Кавказских войск отступить, Котляровский ответил, что «занял Мегри не с тем, чтобы отдавать его персам» и через некоторое время с малочисленным количеством солдат разбил 10-тысячный отряд персидских войск на участке садов у реки Аракс. В конце XIX века границу на участке Мегринского отряда охраняли две сотни казаков. Первая сотня расположилась в селе Алидара, вторая - в Бартазе.

После прихода Советской власти в Армении в течение полутора лет охрана участка границы осуществлялась батальоном 4-го Армянского Лорийского полка, а с конца 1922 года – 26-ым Нахичеванским и 27-ым Джебраильским пограничными батальонами.
В июне 1924 года охрану Мегринского участка осуществлял вновь созданный Нахичеванский пограничный отряд.

21 апреля 1926 года, приказом Закавказской Чрезвычайной Комиссии, для охраны участка государственной границы занимаемого Мегринским уездом, была сбормирована пограничная часть, получившая название «Отдельная Мегринская пограничная комендатура». В октябре 1948 года Отдельная Мегринская пограничная комендатура вошла в состав Нахичеванского пограничного отряда Азербайджанского округа.
10 июня 1955 года Приказом МВД СССР образован Мегринский пограничный отряд с дислокацией в селении Мегри Армянской ССР. 

В марте 1963 года, в связи с расформированием Азербайджанского пограничного округа, Мегринский пограничный отряд был включен в состав войск Закавказского пограничного округа КГБ при СМ СССР.

В условиях сложившейся обстановки в стране в конце 1991 года, часть пограничных застав остались на территории Нахичеванской и Азербайджанской Республик.
 С 1992 года по сегодняшний день Мегринский пограничный отряд охраняет весь участок Мегринского района на границе с Исламской Республикой Иран, проходящей по реке Аракс, протяженностью более 45 км, где плечом к плечу несут свою нелегкую службу по охране южных рубежей СНГ в пределах Республики Армения россияне и армяне.
В 1994 году на участке пограничной заставы «Карчевань» был открыт пункт пропуска через Государственную границу, который функционирует круглосуточно.
10 июня 2013 г. Мегринский пограничный отряд будет отмечать свою 58 годовщину со дня образования. За 58 лет Мегринским отрядом командовало 20 командиров. Ныне отрядом командует Шадрин Анатолий Анатольевич.

В 2004, 2005, 2010 годах по итогам оперативно-служебной деятельности был награжден переходящим штандартом Пограничного управления ФСБ РФ в РА «Лучшая часть».

На протяжении всего периода деятельности пограничного отряда, поддерживается тесная связь с местным населением, администрацией городов Мегри и Агарак, взаимодействующими органами района, а также с культурным центром города Мегри. Личный состав пограничного отряда принимает активное участие во многих мероприятиях проводимых в Мегринском районе. Командование отряда постоянно приглашает представителей местной администрации для участия в торжественных и праздничных мероприятиях, проводимых в пограничном отряде. Стало доброй традицией оказывание помощи малоимущим семьям и ветеранам Великой Отечественной войны района. Надеемся, что самые лучшие традиции будут поддерживаться и преумножаться.