1992 թվականի ապրիլի 10-ին երեք ժամանոց հրետանային նախապատրաստությունից հետո Ադրբեջանի կանոնավոր բանակի ստորաբաժանումներն ադրբեջանական Միր-Բաշիր (այժմ՝ Թարթառ) բնակավայրից ներխուժեցին Մարաղա:
Մոտ երկու շաբաթ անց՝ ապրիլի 22-23-ին, Մարաղան ենթարկվեց կրկնակի հարձակման, մոխրացած հայրենի գյուղ վերադարձած մարդիկ ստիպված եղան ընդմիշտ հեռանալ այնտեղից: Գյուղի բնակիչների վկայություններով՝ դեռ փետրվարի 26-ին է Մարաղան ենթարկվել հատուկ մշակված և լավ կազմակերպված հարձակման, սակայն ինքնապաշտպանական ջոկատները կարողացել են հետ շպրտել թշնամուն, բայց այս անգամ «Սովորական ցեղասպանություն» ադրբեջանաթուրքական ծրագիրն իրագործված էր:
«Դա նման էր Գողգոթային… շատ տարիներ անց: Այն, ինչ որ մենք տեսանք՝ նկարագրության ենթակա չէ։ Գյուղն ամբողջովին ավերված էր։ Մարդիկ թաղում էին զոհվածներին, ավելի ճիշտ՝ այն, ինչ հնարավոր էր թաղել՝ տանջամահ արված, կենդանի այրված, կտրտված կամ սղոցված դիակի մասեր։ Մի մասին թաղել էին նախորդ օրը՝ նկարահանելու համար նրանց հանեցինք, թեև հասկանում էինք, թե ինչքան ծանր է հայերի համար։ Այդ օրերին Մարաղայում նկարահանվածը փաստում է այդտեղ իրագործված սոսկալի կոտորածի մասին՝ գլխատված և կտրտված դիակներ, երեխաների դիակներ, արյունոտ հող և մարմնի մասեր, որտեղ սղոցել էին նրանց։ Տեսանք արյունոտված մանգաղներ, որոնցով կատարել էին այդ եղերագործությունը, հավանաբար դրանք պետք էր վերցնել մեզ հետ՝ որպես վկայություն, բայց ես դա չկարողացա։ Բնակիչներին սպանելուց հետո ադրբեջանցիները թալանել և այրել էին գյուղը։ Զինվորներից հետո հայտնվել էին քաղաքացիներ և շարունակել թալանը։ Մենք տեսանք մի քանի լիքը լցված պայուսակներ, որ դիակապտիչները չէին հասցրել տանել»,- ժամանակին ասել է բարոնուհի Քերոլայն Քոքսը, ով գյուղ է ժամանել ողբերգությունից երկու օր անց:
«Human Right Advocates»–ի տվյալներով` Մարաղայում ադրբեջանցիների կողմից տանջամահ է արվել 50 հայ, 100 մարդ գերի է վերցվել, որից 9-ը` երեխա, 18-ը` կին:
Այլ տեղեկությունների համաձայն` Մարաղայի ցեղասպան գործողությունների ընթացքում սպանված հայերի թիվը 80-100-ի սահմաններում է, որոնց թվում 30-ը` կին:
Ավելի քան 40 մարդ էլ վիրավորվել է, իսկ 63-ը՝ գերության տարվել: Իհարկե, պատանդ տարվածներից մոտ 10-ը հետո փոխանակվել են՝ մեկը՝ գնվել, մյուսը՝ փախել գերությունից, մի քանիսը՝ վերադարձվել, բայց նաև գերությունից չվերադարձողներ կան, որոնց ճակատագիրը մինչ օրս անհայտ է:
Փորձագետները և փաստագրական վկայություններն ապացուցում են, որ ամեն գնով Մարաղա գյուղին տիրելու ադրբեջանական կողմի փափագը մի քանի պատճառ ուներ, որոնցից կարևորագույնը նավթային շահերն ու Ադրբեջանի իշխանությունների ագրեսիվ հայատյացությունն էր: Հայկական Մարաղա գյուղի խաղաղ հայ բնակչությունը զոհաբերվեց հանուն նավթաէներգետիկ գլոբալ շահերին միայն այն բանի համար, որ իրենց գյուղը տեղակայված էր այն տարածքի վրա, որտեղ արդյունահանում էին ածխաջրածնային թանկարժեք հումքը՝ այսպես կոչված, «սպիտակ նավթը»:
Այս մասին է իր հոդվածում գրում 1992-1995 թվականներին Լեռնային Ղարաբաղի Գերագույն Խորհրդի նախագահության անդամ Վալերի Ղազարյանը. «Խնդիրն ու բախումը դադարել են տեղային լինել, երբ չէր կարելի թույլ տալ, որպեսզի հայերը նավթատար Միր Բաշիրի նկատմամբ վերահսկողություն ստանան» («Անիվ» ամսագիր, թիվ 2, 2010թ.)։
Մարաղայի փախստականների մի մասն ավելի ուշ բնակություն հաստատեց Նոր Մարաղա գյուղում։
1995-ից վերաբնակեցված գյուղը նախքան 44-օրյա պատերազմն ուներ մոտ 300 բնակիչ, մինչդեռ հին Մարաղայում այս թիվը մոտ 2.500 հազարի էր հասնում:
Նշենք, որ Արցախյան վերջին պատերազմի արդյունքում Նոր Մարաղան անցավ Ադրբեջանի վերահսկողության տակ: